کونگ لائو در تورنمنت مورتال کامبت پیروز شده و شانگ تسونگ را شکست داده و قلمرو زمین را نجات داده است. حالا او باید نسل جدیدی از جنگجویان را برای تورنمنت بعدی آموزش دهد. در همین حال، شانگ تسونگ که در تبعید است، تلاش می‌کند تا تلاش‌های لائو را با کمک جنگجویان ماورایی مانند اسکورپیون و ساب زیرو مختل کند.